Varianten av SARS-CoV-2-viruset som startet pandemien, er utryddet. Nå er det andre varianter av viruset som har tatt over. I Norge har deltavarianten dominert i høst, og nå har omikron nettopp dukket opp. Hva betyr det? Hva kan vi vente oss framover?
Unøyaktig kopiering av arvestoff
Formering av en organisme, inkludert virus, er avhengig av arvestoff. Arvestoffet inneholder oppskriften på byggesteinene som den nye kroppen består av.
Hver ny generasjon arver en tilnærmet nøyaktig kopi av arvestoffet fra forgjengeren. Likevel skjer det nesten alltid små feil, på grunn av unøyaktig kopiering av arvestoffet.
Mindre feil med rettetast
Arvestoffet til SARS-CoV-2-viruset er RNA og består av ca 30 000 baser. Det er ganske mye til å være virus.
I begynnelsen av pandemien, etter hvert som viruset spredte seg fra person til person, endret viruset seg svært lite . Dette vet vi fordi virus-stikkprøver har blitt undersøkt med såkalt sekvensering i løpet av hele pandemien, der rekkefølgen av basene i arvestoffet blir kartlagt.
En mulig forklaring på at SARS-CoV-2 endret seg så lite i starten av pandemien, var at koronavirus har med seg sin egen «rettetast», et enzym som fjerner feilkopierte baser.
Virus-slektsgransking
Den detaljerte kartleggingen av virusets arvestoff kan vises som slektstrær. Nye virusvarianter som likner på tidligere varianter funnet i samme geografiske område, antas å stamme fra samme utgangspunkt. Dette har gitt grunnlag for presis navnsetting av virusvariantene.
Undersøkelse av virusets arvestoff og slektskap har gjort det mulig å følge med på hvordan viruset har spredd seg og utviklet seg gjennom pandemien. Så tett oppfølging av virusspredning har aldri tidligere skjedd i medisinens historie.
Bekymringsfulle varianter
På tross av virusets imponerende rettefunksjon oppdaget forskerne i november 2020 en urovekkende endring. Da dukket det opp i Storbritannia, Sør-Afrika og Brasil, virusvarianter med endringer i arvestoffet som vakte interesse og bekymring. Variantene fikk samlebetegnelsen «variants of interest» (VOI) og «variants of concern» (VOC).
De bekymringsfulle variantene hadde endringer i den delen av arvestoffet som bestemmer piggene som stikker ut fra overflaten av koronaviruset. Viruset bruker piggene for å feste seg på mottakermolekyler på våre celler. Slik kommer viruset seg inn i cellene våre, der det kan lage nye kopier av seg selv.
Det er særlig piggene immunforsvaret lager antistoffer mot, så viruset IKKE fester seg på cellene våre. De fleste vaksiner mot SARS-CoV-2 som er i bruk, er basert på piggeproteinet. Både etter gjennomgått infeksjon og etter vaksine vil man derfor ha utviklet slike antistoffer som hindrer viruset i å feste seg til cellene våre.
Det betyr at virusvarianter med endringer i piggeproteinet kan finte ut antistoffene og likevel komme seg inn i cellene våre.
Immunsvikt og immunitet
Det er to grunner til at nye varianter av viruset først oppsto et godt stykke ut i pandemien: immunsvikt og immunitet.
Enkelte pasienter med svekket immunforsvar har hatt viruset i kroppen spesielt lenge. Prøver tatt på ulike tidspunkt fra slike pasienter har vist at viruset har endret seg underveis i pasienten. Varianter av viruset som ikke har blitt hindret av behandlingen pasienten har fått, har fått vokse fram. Hvis slike pasienter smitter andre, kan det være med virusvarianter som smitter lettere enn det opprinnelige viruset.
Tilsvarende vil økende immunitet i befolkningen gi grobunn for virusvarianter. Etter hvert som mange i et geografisk område har blitt smittet og begynt å lage antistoffer mot viruset, er det bare virus som tilfeldigvis har visse endringer i arvestoffet som fortsatt lykkes med å spre seg.
Nye varianter, nye navn
Navnsetting av virusvariantene har vært en utfordring. Tallrekker og bokstaver er vanskelige å huske. VOC-variantene som har dukket opp der smittespredningen har vært stor, ble derfor gjerne nevnt etter stedet der de først ble oppdaget.
I mai i år bestemte WHO at variantene skulle få nye, korte navn basert på det greske alfabetet: Alfa som først dukket opp i Storbritannia, beta fra Sør-Afrika, gamma fra Brasil og delta fra India.
Rask spredning, nye bølger
De nye variantene av viruset har i tur og orden gitt opphav til nye bølger av smittespredning der de først ble oppdaget, og etterhvert også i andre steder i verden.
Alfa-varianten dukket opp rett før jul i 2020 og førte til akutte reiserestriksjoner fra Storbritannia. Det varte likevel ikke lenge før alfa overtok for det opprinnelige Wuhan-viruset i Norge.
I april 2021 ble India rammet av kraftig spredning av koronaviruset. Årsaken var delta-varianten, som siden har spredt seg til de fleste steder i verden og gitt opphav til nye bølger av koronasmitte og sykdom.
Nå i november dukket det opp en ny variant i Sør-Afrika. Her har nesten alle vært smittet med SARS-CoV-2 tidligere i pandemien, og endel er også blitt vaksinert. I høst hadde virusspredningen nærmest stanset opp.
Det var derfor påfallende når man midt i november registrerte et raskt økende antall smittede i et begrenset område. Prøver ble undersøkt, og man fant en ny virusvariant med tallrike endringer i arvestoffet, omikron.
Hvor godt beskytter vaksinene?
De første vaksinene mot SARS-CoV-2 ble tatt i bruk i desember 2020. Vaksinene er rettet mot piggeproteinet til det opprinnelige Wuhan-viruset. De har heldigvis også gitt god beskyttelse mot de første VOC som ble oppdaget. Etterhvert som stadig flere har blitt vaksinert med to doser av vaksinene, har pandemien kommet under relativt god kontroll i vår del av verden.
Vaksine beskytter mot sykdom på flere måter. Det får kroppen til å lage antistoffer som binder seg til viruset og hindrer det i å komme inn i cellene.
Vaksinene mot SARS-CoV-2 får også immunforsvaret til å lage flere immunceller (T-celler), som kan drepe virusinfiserte celler. Det siste er viktig for å hindre alvorlig sykdom og for å stanse produksjonen av virus i kroppen.
Hvor på piggeproteinet binder antistoffer seg?
Immunologer har nå kartlagt i stor detalj hvor på piggeproteinet antistoffer binder seg.
Man har oppdaget at antistoffer som hindrer viruset i å infisere cellene våre, hovedsakelig binder seg til ett av fire steder på piggeproteinet. De fire stedene ligger nær hverandre og brukes av viruset for å feste seg til våre celler.
Endel antistoffer fester seg også til andre deler av piggeproteinet. Disse antistoffene er ikke like effektive i å hindre infeksjon, selv om de kan bidra til å hindre alvorlig sykdom.
Hvordan unngå T-celler?
T-celler er en viktig del av immunforsvaret mot virus, inkludert SARS-CoV-2. De oppdager virusinfiserte celler på grunnlag av svært sparsom informasjon som vises fram på overflaten av de virus-infiserte cellene. For et virus er T-celler generelt utrolig vanskelige å unngå.
Hvovedgrunnen til det er at det som fungerer for å finte ut virus-reaktive T-celler i én person, ikke vil fungere i en annen person. Det er rett og slett for stor genetisk variasjon mellom oss til at virus på en enkel måte kan endre seg og gjøre seg usynlig for T-celler uansett hvilken person som blir smittet.
Så langt har T-celler som reagerer på SARS-CoV-2, ikke hatt noe problem med å gjenkjenne alle de kjente variantene av viruset, inkludert omikron.
Hvordan finte ut antistoffer?
Et antistoff er et protein. Det virker ved å feste seg til et bestemt lite område på et annet protein. Proteiner er bygget opp av aminosyrer. Det finnes 20 ulike aminosyrer. Bindingen mellom de to proteinene skjer ved at bestemte aminosyrer i antistoffet trekkes mot bestemte aminosyrer i proteinet. For eksempel vil noen aminosyrer trekkes mot hverandre fordi de har ulik elektrisk ladning.
En effektiv måte å finte ut et antistoff på vil derfor være at virus-protein endres så en aminosyre med elektrisk ladning byttes ut med en aminosyre uten ladning eller som har motsatt ladning.
I alle VOC-virusene er det akkurat dette som har skjedd. En eller flere aminosyrer i ett eller flere av de fire områdene der beskyttende antistoffer fester seg, er endret. Det gjør at mange av antistoffene immunforsvaret har laget, vil binde mindre sterkt til viruset eller ikke i det hele tatt.
Jo flere slike endringer, jo mer uforstyrret kan viruset binde seg til cellene våre og infisere dem. Omikron, det nyeste VOC-viruset, har ialt 15 slike aminosyreendringer i de kritiske områdene for binding av antistoff til piggeproteinet.
Det kan forklare hvorfor gjennomgått infeksjon med tidligere virus-varianter ikke har gitt nok beskyttelse til å hindre infeksjon med omikron.
Hvordan sette virus sjakk matt?
Hvis det var så enkelt for et virus, at det bare kunne endre noen aminosyrer for å finte ut antistoffer etter tidligere infeksjon, ville vi ikke kunnet leve friske, gode liv uten stadig gjentatte utbrudd av tallrike virus-infeksjoner.
Immunforsvaret har derfor en løsning for å stanse virus som stadig vekk prøver seg på nye varianter. Løsningen er «somatisk hypermutasjon» av antistoffgener. Dette er en aktiv prosess for å endre antistoffer mot viruset.
Prosessen settes igang hver gang immunforsvaret blir aktivert på nytt, enten gjennom vaksine eller gjennom infeksjon. Slik får man skreddersydde antistoffer mot viruset.
Bredspektrete antistoffer
For tiden rulles det ut en tredje dose av SARS-CoV-2-vaksine til alle over 65 år i Norge. I Israel har de allerede gitt tre doser til alle over 18 år. Det er ikke uvanlig at det trenges tre doser av en vaksine for å gi fullgod beskyttelse mot sykdom.
Hvor mange flere ganger må vi regne med å bli vaksinert mot SARS-CoV-2? Det vet vi ennå ikke, men jeg velger å være optimist på immunforsvarets vegne. Hver gang kroppen møter piggeproteinet, enten i form av vaksine eller virus, vil immunforsvaret lage mer og bedre antistoffer mot piggeproteinet.
Resultatet vil bli at vi får antistoffer som passer svært godt til det piggeproteinet immunforsvaret møter akkurat nå, men også antistoffer som i varierende grad er nesten like bra.
Disse ikke-helt-perfekte antistoffene vil likevel svært effektivt kunne fange opp viruset om det forsøker å endre på én eller flere aminosyrer. Det er mulig nettopp fordi slike endringer i viruset vil gjøre at disse ikke helt perfekte antistoffene mot forrige versjon av viruset, kanskje passer veldig godt til den alternative løsningen viruset prøver på.
Dette er sannsynligvis forklaringen på at personer som har vært smittet med SARS-CoV-2 og siden er blitt vaksinert, har antistoffer som fortsatt kan binde til piggeprotein med 20 endringer. Slike bredspektrete antistoffer hadde ikke de som bare hadde gjennomgått infeksjonen.
Flere greske bokstaver?
Så tilbake til spørsmålet jeg stilte innledningsvis: Vil vi komme til å trenge hele det greske alfabetet for å gi navn til nye bekymringsvarianter før vi er ferdig med covid-19-pandemien?
I løpet av det kommende året (pandemiens tredje år) vil veldig mange flere enn nå, verden over, ha blitt vaksinert eller infisert gjentatte ganger. Da vil vi nå et punkt der viruset ikke lenger har tilstrekkelig spillerom for endring før det enten fanges opp av immunforsvarets antistoffer eller svekker egen evne til å spre seg effektivt.
Da blir SARS-CoV-2-infeksjon bare som en vanlig forkjølelse for de aller fleste av oss, og vi kommer ikke lenger til å bry oss med å sette greske bokstaver på nye varianter av SARS-CoV-2.
Blogginnlegg av Anne Spurkland, publisert 5. desember 2021, sist endret 14. desember 2021
ANNONSE:
«Frisk nok! Håndbok i immunforsvar» en no-nonsense bok om hvordan
immunforsvaret virker og hvordan det påvirkes av for
eksempel søvn, mat, stress og vaksiner.
Dagbladet har utpekt boken blant Årets beste bøker og gav terningskast 6. Boken har toppet salgslisten for generell litteratur. Den kan bestilles i nettbutikk, fra forlaget eller fra en bokhandel nær deg.
Boken samler trådene etter ett år med pandemi, der mange har blitt interessert i å vite mer om hva som skjer når vi rammes av sykdom.
ImmunGlimt 
12 svar på “Hele alfabetet?”
Hei 🙂 Takk for lettleselig og lærerikt stoff om covid!
Kan du si noe om hvor sannsynlig det er å være smittebærende dersom man har to vaksiner og gjennomgått virusinfeksjon med omikronvarianten nylig?
Hei igjen
Hvis man først har fått to vaksiner, og så blir infisert med SARS-CoV-2 (omikron eller en annen), da er jeg rimelig sikker på at man er ganske godt beskyttet mot ny smitte for en god stund framover. Hvor lenge en god stund er, kan vi nok ikke si ennå. Jeg vil anta iallefall noen måneder framover, forhåpenltligvis lenger.
Det er flere grunner til at jeg er så optimistisk der. En av dem, er allerede beskrevet i innlegget du kommenterer under. Ved nye eksponeringer for vaksine eller virus, vil antistoffene som blir produsert bli kvalitativt bedre og også mer bredspektret. I tillegg vil infeksjon i etterkant av vaksinasjon, vil gi deg en immunreaksjon mot resten av viruset (nettopp dokumentert for T-celler i et preprint). I tillegg vil man ganske sikkert også få antistoffer som skilles ut til slimhinnene (såkalte IgA-antistoffer). Dette vil effektivt stanse et nytt angrep med viruset. Dessuten vil det også bli mere hukommelsesceller rett under slimhinnene, som gjør det vanskeligere for viruset å komme noen særlig vei, om det skulle lykkes i å infisere noen luftveisceller i første omgang.
Hilsen Anne S
Hei!
Jeg har et generelt spørsmål som jeg ikke klarer å finne svar på, det kan tenkes at man foreløpig heller ikke har nok data:
Jeg har gjennomgått covid-19 + Moderna-vaksine senere.
Er det noe som tyder på at det gir bedre beskyttelse med først vaksine og deretter covid, eller om det er likestilt med først covid og deretter vaksine?
Hei igjen
Jeg har lurt på det samme, og har tenkt at det har vært litt for tidlig å kunne si noe særlig om hvordan det går med de som først har vært vaksinert og så smittet.
Nå har det nettopp kommet et nytt preprint, som har undersøkt T-celler mot piggeproteinet og andre korona-proteiner hos personer som enten hverken er vaksinert eller smittet, bare vaksinert, bare smittet eller først vaksinert og så smittet. I noen av sammenlikningene hadde de også med den motsatte versjonen, først vaksinert så smittet.
Og det var en lettelse å se (må jeg innrømme) at det spilte ingen rolle om man først var smittet så vaksinert eller omvendt. T-cellene økte i mengde uansett, så de to gruppene med personer endte opp med det samme utvalget og mengden av T-celler mot viruset.
Så konklusjonen min er at den tryggeste måten å bli immun mot viruset på er først vaksine så virus, ikke omvendt.
Hilsen Anne S
Hei,
Jeg synes det er godt å se at noen endelig skriver litt mer om de som faktisk har gjennomgått Covid. Stort sett leser man kun i media om de vaksinerte vs. de uvaksinerte, men hva med alle som har vært infisert med Covid? Hvordan er egentlig disse individene rustet for fremtidige varianter? Et raskt google-søk på engelsk vitner om at mange leger innenfor feltet beskriver at en naturlig infeksjon er bedre og mer bredspektret enn vaksinen, men at dette ikke kommer frem i media i frykt for at mange dermed vil «oppsøke» smitte fremfor å la seg vaksinere. Noe jeg selvsagt forstår at er uheldig da man ikke vet hvordan man reagerer på en eventuell infeksjon på forhånd. Men; igjen – de som allerede har hatt Covid og som nå er bra igjen hvor rustet er de for eventuelle reinfeksjoner? Og spesielt de som heller ikke, av ulike grunner, kan vaksinere seg 6 mnd etter gjennomgått infeksjon – hvordan skal de forholde seg til videre smitte?
Hei igjen
Jeg har sagt mange ganger nå at vi ikke lenger har valget mellom tre muligheter: ingenting, virus eller vaksine. Det er bare to muligheter, og begge handler om å bli immun mot SARS-CoV-2. Hvis man velger å bli immun ved å bli smittet med viruset, er dette en metode som er forbundet med vesentlig flere og mer alvorlige bivirkninger enn å bli immunisert ved hjelp av vaksinen.
Så er det spørsmålet om hva som gir best beskyttelse mot sykdom, når man først er blitt immunisert. I Sør-Afrika er svært mange (uklart hvor mange, men estimatene varierer mellom 60 og 90 prosent) allerede immunisert via viruset. I tillegg er omtrent 25% av befolkningen (hovedsakelig de eldste) vaksinert.
Dosen man får når man blir immunisert av viruset varierer betydelig, og det er også stor variasjon i hvordan kroppen håndterer infeksjonen, og hvor langvarig stimulering av immunforsvaret man får. Vaksinen derimot, gis med samme dose til alle, og gir derfor (etter min mening) en mer kontrollert stimulering av immunforsvaret, selv om den er mer kortvarig enn det infeksjon med viruset gir.
I innlegget du kommenterer på, refererer jeg til en undersøkelse av en laboratoriegenerert supermutant av spikeproteinet. Der fant man at antistoffer fra de som bare har vært smittet, ikke klarte å «nøytralisere» dette proteinet, mens de som både hadde vært smittet og deretter vaksinert klarte det. Dette er et svært godt argument for at alle som har hatt infeksjonen, også blir vaksinert, det er de som så langt har vist seg å ha best beskyttelse mot ny infeksjon.
Så jeg har strengt tatt allerede svart på spørsmålet ditt i innlegget mitt. Hverken vaksinering eller gjennomgått infeksjon gir fullgod beskyttelse mot ekstreme varianter av viruset (omikron er blant dem), men gjentatt eksponering for viruset (i form av vaksine eller infeksjon) vil gi stadig bedre beskyttelse også mot varianter.
Hilsen Anne S
[…] immunolog Anne Spurkland påpeker, kan det bety at vi neppe må vaksineres i all […]
Hei igjen
Ja, jeg skjønner din bekymring for hvordan omikron vil kunne ramme barn.
Jeg har også sett at det har vært rapportert flere innleggelser blant barn i de områdene i Sør-Afrika der omikron er mest utbredt. Hva dette betyr i forhold til hvor alvorlig omikron-infeksjon er for barn, vet jeg ikke. Jeg har heller ikke sett noe mer utfyllende informasjon om dette. Foreløpig er det litt mye «armer og bein» i forhold til informasjon om hvordan det går med omikron-smittede. Det er ikke så rart, når hele verden vil ha svar nå, mens de som står midt oppe i det, er opptatt med å ta vare på pasientene sine.
Når det gjelder antigentester og omikron, har jeg forstått at disse testene typisk retter seg mot andre deler av viruset enn piggeproteinet. Det betyr at omikron også skal kunne fanges opp av antigentestene. Om prøven tas i halsen eller i nesen tror jeg ikke spiller noen avgjørende rolle her.
Hilsen Anne S
Hei Anne Spurkland,
Flere eksperter advarer mot vaksinering av store deler av en befolkningen innenfor et kort tidsrom da dette kan forverre situasjonen på langsikt. Jeg mener å huske at FHI har uttalt (før pandemien) at man ikke bør foreta massevaksinasjon under en pandemi. Hva tenker du om naturlig flokkimmunitet ved at de yngre som er ved god helse forblir uvaksinerte? Er ikke dette en bedre løsning på sikt?
Man har fortsatt ikke tilstrekkelig data for å kunne si hva bivirkningene av vaksinene er over tid eller hvor mange det er forsvarlig å ta. I disse tider blir også influensa vaksinen gitt parallelt med covid 19 vaksine. Hva sier cocktail effekten?
Mange, om ikke de fleste som blir syke som en følge av vaksinasjon, vil ikke bli fanget opp av helsevesenet da det kan være vanskelig å knytte symptomer/sykdom opp mot en vaksine gitt 6- 12 måneder tidligere. Med dette i bakhodet, kan man forsvare en vaksine nummer tre (eller en booster som man har valgt å kalle det)?
Yngre folk under 18 år blir knapt syke av covid smitte. Kan man med sikkerhet si at en vaksine potensielt har en større positiv enn negativ effekt?
Hei igjen
Jeg forstår ikke hvordan å vaksinere store deler av befolkningen på kort tid vil forverre situasjonen på lang sikt.
Flokkimmunitet vet vi nå at vi ikke vil oppnå for dette viruset, hvis man med det mener at viruset forsvinner fra befolkningen fordi alle er immune.
Å la de unge «som tåler infeksjonen godt» bli smittet med viruset, betyr betydelig smittespredning i samfunnet ellers også, og den smitten treffer de som ikke tåler den. Så det er ingen god strategi. Dessuten medfører immunitet gjennom å bli infisert med viruset, betydelig risiko for bivirkninger i form av alvorlig sykdom, langvarige symptomer osv. Vaksinering derimot medfører til sammenlikning minimale bivirkninger.
Blogginnlegget påpeker at uansett om man blir vaksinert eller møter viruset, vil befolkningen før eller siden bli immun mot viruset. Dette har jeg sagt lenge i media også. Poenget med dette innlegget er å forklare hvordan immunforsvaret reagerer i møte med et virus, enten i form av vaksine eller viruset selv, og at dette kommer til å sette begrensninger på hvor mye viruset etterhvert kan endre seg.
Det var igrunnen ikke mer enn det som var poenget denne gangen. Pluss et lite forsøk på å være optimistisk på en tid da mange synes det begynner å bli ganske trøttsomt med disse stadig nye variantene som vi må ta hensyn til.
Anne S
Hei Anne, Mange takk for at du deler din kunnskap:) Jeg er bekymret for de uvaksinerte barna. Hva vet vi om evt senskader som følge av at barn blir smittet? Tenker du det er overdreven bekymring jeg har?
Hei igjen
Vi vet foreløpig for lite om noen barn får langvarige følger etter SARS-CoV-2-infeksjon. Hovedinntrykket er at barn kommer seg ganske lett igjennom infeksjonen, mange merker heller ikke noe til at de er smittet. De blir oppdaget nå på grunn av positiv hurtigtest, men var uten symptomer i utgangspunktet. På den annen side, i land der det har vært generelt stor smittespredning og som vi kan sammenlikne oss med (dvs Storbritannia og Sverige), er det et ikke ubetydelig antall barn som opplever langvarige plager etter covid-19. Det er sannsynlig, men ikke sikkert, at vaksinasjon vil beskytte mot slike langvarige plager.
I tillegg er det også et visst antall, men ikke mange, barn som får en alvorlig betennelsessykdom i etterkant av SARS-CoV-2-infeksjon. Og noen barn har dødd. Alt dette tilsammen viser at selv om barn har lav risiko for alvorlig sykdom på grunn av SARS-CoV-2 så er ikke risikoen null. Når man også legger til den sosiale byrden det er for barn og familier å måtte forholde seg til muligheten for å bli smittet og smitte videre til eldre familiemedlemmer, så mener jeg at barn og foreldre selv må få velge om barnet skal vaksineres, heller enn å bli smittet av viruset. Noe annet alternativ er det strengt tatt ikke, den tredje muligheten, hverken vaksine eller virus kan man se bortifra. Spesielt ikke nå som omikron kommer susende.
Så hva skal jeg si? Jeg tenker at det er grunn til bekymring for barna,, men for de aller fleste vil dette bare være en infeksjon i en lang rekke infeksjoner barn skal igjennom før de blir eldre. Hadde jeg hatt barn i den aktuelle alderen ville jeg langt ha foretrukket at de ble vaksinert framfor å bli smittet med viruset. Men jeg hadde kanskje ikke plaget meg selv med å være så veldig bekymret før det eventuelt ble et problem.
Hilsen Anne S